Κατά τη διάρκεια της κατοχής, ο εκλιπών συμμετείχε στην Εθνική Αντίσταση και, την περίοδο του «Ανένδοτου Αγώνα», παράλληλα προς την ακαδημαϊκή του σταδιοδρομία, άσκησε το δικηγορικό λειτούργημα σε ποινικές δίκες, υπερασπιζόμενος φοιτητές, εργάτες και άλλους πολιτικά διωκόμενους συμπολίτες μας.
Τα δημοκρατικά του φρονήματα είχαν ως αποτέλεσμα την άρνηση της Δικτατορίας των Συνταγματαρχών να εγκρίνει το διορισμό του - παρά την παμψηφεί εκλογή του - ως έκτακτου καθηγητή του Ποινικού Δικαίου στη Νομική Σχολή του Πανεπιστημίου Αθηνών ενώ, το Φεβρουάριο του 1969, η αποχαιρετιστήρια παράδοσή του εξελίχθηκε σε δημόσια αντιδικτατορική εκδήλωση.
Η σύλληψή του τον Ιούλιο του 1969 για τη δράση του κατά της Δικτατορίας, η φυλάκιση, τα βασανιστήρια και η απομόνωση δεν τον απέτρεψαν από τη συγγραφή αντιδικτατορικών κειμένων, τα οποία δημοσιεύθηκαν εκτενώς από μέσα ενημέρωσης του εξωτερικού.
Το 1972 εξελέγη τακτικός καθηγητής του Ποινικού Δικαίου στο Πανεπιστήμιο της Χαϊδελβέργης, όπου και διέφυγε, συνεχίζοντας τον αγώνα του για την εγκαθίδρυση της Δημοκρατίας.
Το 1974 επανήλθε στην Ελλάδα, μετείχε στην κυβέρνηση εθνικής ενότητας και αποκαταστάθηκε στα ακαδημαϊκά του καθήκοντα στο Πανεπιστήμιο Αθηνών. Το ίδιο έτος εξελέγη για πρώτη φορά βουλευτής με την Ένωση Κέντρου - Νέες Δυνάμεις ενώ το 1980 προσχώρησε στο ΠΑ.ΣΟ.Κ. Το 1981 διορίστηκε Διοικητής της Εθνικής Τράπεζας και το 1982 ανέλαβε το Υπουργείο Δικαιοσύνης.
Η σπάνια και ξεχωριστή προσφορά του Γεώργιου-Αλέξανδρου Μαγκάκη στη νομική επιστήμη και τη δικηγορία αποτελεί σημαντική παρακαταθήκη για τις επόμενες γενιές. Σήμερα, περισσότερο από ποτέ, η Πατρίδα μας χρειάζεται χαρισματικούς ανθρώπους, οι οποίοι, όπως ο εκλιπών, θα υπερασπίζονται το κράτος δικαίου και τους δημοκρατικούς θεσμούς, με συναίσθημα ευθύνης και με συνείδηση υπευθυνότητας, θέτοντας το δημόσιο συμφέρον πάνω από βραχυπρόθεσμες προσωπικές επιδιώξεις και μικροπολιτικές σκοπιμότητες.